Hoy día deberías saber un poco de programación, sea cual sea vuestra rama, educación, carrera… es bueno tener otra mentalidad para afrontar los problemas, y sobre todo para ahorrar tiempo en las operaciones.

Hace tiempo que conozco BioPHP, donde tienes una serie de funciones PHP para realizar cálculos o ejercicios relacionados con la Genética. PHP (Hypertext Pre-processor) es un lenguaje de programación que se ejecuta de lado del servidor, con lo cual puedes realizar funciones dinámicas y generar código que el explorador interpreta (lado del cliente). Aparte de ahorrar código y tiempo, nos permite realizar operaciones y mostrarlas en un explorador e interactuar con el usuario mediante formularios y envío de información al servidor. Tal vez os perdáis un poco, pero os lo explicaré con un pequeño ejemplo.

Voy a explicar un poco sobre una función PHP para calcular el contenido en G+C de una cadena de ADN: Como muchos sabréis el ADN está compuesto por una cadena de nucleótidos A (Adenina), T (Timina), G (Guanina) y C (Citosina), compuesto por 2 hebras de nucleóticos que se unen de forma A-T y C-G. El contenido GC es importante ya que esta combinación conlleva a 3 puentes de hidrógeno en vez de 2 como se da en la unión A-T. Lo cual es importante ya que la fuerza que ejercen entre las dos hebras la unión GC es más fuerte. Por tanto cuanto más contenido GC más energía será necesaria en el caso de querer separar las dos hebras de ADN.

Imagina una secuencia tal que: ATCGAGCTCGCATCAGACTCGCAACGTGATCAGTCGATTTAGCATCAG
¿cómo contamos de forma rápida su porcentaje en contenido G+C?

La función que tenéis arriba es muy sencilla, su nombre es  GC_content() y le pasamos una variable ($seq), que es la secuencia de ADN (en principio una sola hebra) y realiza 3 operaciones sencillas, para devolver un valor.

1. $number_of_G=substr_count($seq,”G”);  - Esta función PHP substr_count nos ayuda a contar cuántas G tenemos en la secuencia.
2. La siguiente línea es igual pero contamos cuántas C hay.
3. Estos dos valores los guardamos en $number_of_G y $number_of_C
4. Una vez tenemos ambos valores, sumamos los dos números obtenidos y lo dividimos por el total de la cadena (strlen).
5. Después lo que hace es calcular el porcentaje (multiplica por cien). Y la función round sirve para redondear. El .. ,2); … que véis al final es para devolver 2 decimales. Todo esto lo guarda en la variable $gc_porcentaje.
6. Finalmente lo que hace es devolver el resultado (return).

¿Y cómo se usaría esta función? Sencillo, sólo tienes que poner esto:

Podéis pegar aquí la secuencia y marcar la casilla “G+C content” para ver el resultado ; ).

Extraña pregunta que intentaré aclarar, en este breve vamos a intentar dejar claro los tres métodos por los cuales crecen los tejidos durante el desarrollo, tanto animal como vegetal.

El crecimiento en animales, al menos superiores, se produce por mitosis, pero como se estructuran las células hijas para dar lugar al crecimiento. Existen tres procesos básicos:

1. Hiperplasia / 2. Hipertrofia / 3. A
umento de matriz

1. Hiperplasia: Se trata del crecimiento consecuencia del aumento en el número de células que lo forman, no del tamaño de estas. Es decir, se trata de un crecimiento por mitosis.

2. Hipertrofia: Se trata del crecimiento consecuencia del aumento de tamaño de las células que lo forman y no del número de estas. No es un crecimiento por mitosis.

3. Aumento de la matriz intercelular: En este crecimiento no aumenta ni el número de células, ni del tamaño de estas. Se basa en la incorporación de sustancia a la matriz intercelular.

Dentro del programa de actividades* que el Parque Natural del Estrecho ha diseñado para conmemorar su 10º Aniversario, el 8 de junio, Día Mundial de los Océanos, se celebrará una JORNADA DE FONDOS LIMPIOS.

Puedes obtener más información en la Oficina del Parque Natural del Estrecho, situada en C/ Coghen s/n, 11100 San Fernando (Cádiz), en el teléfono  956 20 31 77 o a través del correo electrónico en pn.delestrecho.cma@juntadeandalucia.es

Descarga la ficha de inscripción o visita la web de la Asociación Garum Tarifa.

*El programa del 10º Aniversario se enmarca dentro del proyecto de cooperación europea MedPAN North financiado por el Fondo de Desarrollo Regional (FEDER) a través del Programa de Cooperación Mediterráneo MED.

El Parque Natural del Estrecho, en el marco de las acciones programadas para la  celebración del 10º Aniversario de su declaración, y dentro proyecto de cooperación europea MedPAN North financiado por el Fondo de Desarrollo Regional (FEDER) a través del Programa de Cooperación Mediterráneo MED,  convoca el III CONCURSO FOTOGRÁFICO DEL PARQUE NATURAL DEL ESTRECHO.

El plazo de admisión de obras comienza el 10 de abril de 2013 y finaliza a las 14 horas del 20 de mayo de 2013.

Puedes consultar las bases y obtener más información en la Oficina del Parque Natural del Estrecho, situada en C/ Coghen s/n, 11100 San Fernando (Cádiz), en el teléfono  956 20 31 77 o a través del correo electrónico en pn.delestrecho.cma@juntadeandalucia.es.

También puedes visitar la web de la Asociación Garum Tarifa.

Desde hace algún tiempo, el atún rojo ha generado un amplio debate, ya que ha sido objeto de la  sobrepesca por pesquerías industriales de América del Norte, Europa y Japón. La Comisión Internacional para la Conservación del Atún en el Atlántico (ICCAT) ha regulado la pesca del atún desde 1970, por lo que ha animado a la asimilación de la mayor cantidad posible de datos sobre el atún rojo, su biología y su ecología permitiendo una mejor regulación de la gestión de las reservas de dicha especie.

Una de las características que más llaman la atención sobre el atún son sus largas migraciones: en primer lugar, realiza una migración con finalidad reproductiva hacia el Mediterráneo, los atunes adultos vienen a través del Estrecho de Gibraltar de la población del Atlántico oriental llegando a sus lugares de desove del Mediterráneo en mayo, donde permanecen sólo hasta finales de julio.

Thunnus thynnus

Tras realizar la reproducción en el Mediterráneo, realiza  una migración de tipo trófico que atravesando el Estrecho de Gibraltar, se dispersa hacia el Atlántico. A su paso por el área del Estrecho es capturado por las almadrabas españolas. Esta migración desde el Mediterráneo al Atlántico llamada “de revés” se desarrolla, a partir de las observaciones de las almadrabas, en los meses de julio y agosto.

Los diversos muestreos con sondas nos muestran índices de la cantidad de individuos que hay de esta especie. Estos nos indican que tras años de explotación, el atún rojo del Atlántico oriental y Mediterráneo está al borde de su extinción comercial a causa del comercio internacional y un exceso de capturas, en una buena parte ilegales. Según los científicos, su población de reproductores ha descendido en más de un 85%. A pesar de que se ha reducido y controlado la cantidad de atún que puede ser pescado, siguen existiendo los riesgos de la pesca ilegal, por lo que el peligro de extinción de la especie sigue existiendo

A new book – written by two experts from the Royal Botanic Gardens, Kew – reveals the ingenious and often devious strategies which plants have developed to help ensure their continued existence.

 

Os animo a ver la presentación con impresionantes fotos de las diferentes estrategias que las plantas usan para sus frutos, y así, asegurar su existencia. Un libro escrito por dos expertos del Royal Botanic Gardens, Kew.

Os aviso, las explicaciones de la presentación están en inglés, que a estas alturas hay que ir perdiendo el miedo. Clica en la foto para ir a la presentación y sube un poco el audio.

Recreación realizada por Rosario Romero

Paleontólogos argentinos han encontrado una nueva especie de saurópodo. Sus fósiles permitieron al equipo de investigadores, no sólo identificarlos como de una nueva especie, sino determinar algunos sus hábitos.

La especie, bautizada como Comahuesaurus windhauseni, era un cuadrúpedo herbívoro de 15 metros de largo. Según los expertos, dicha criatura era capaz de alimentarse tanto de las copas de los árboles como de la vegetación a ras de suelo, algo raro pese a su gran cuello. Característico de la especie, es que a diferencia del resto de saurópodos que se alimentaban de copas de árboles, este presentaba las patas delanteras más cortas que las traseras.

Su masa duplicaba a la de un elefante adulto, lo que significa una elevada demanda energética, que seguramente le obligaría a pasar bastante horas al día dedicándose a la alimentación.

Recreación realizada por Rosario Romero

Fuente: Artículo Original de Emanuel Pujol, Agencia CTyS